Le 1er janvier 2005, le Conseil fédéral a fait entrer en vigueur l'Ordonnance concernant l'allocation de contributions pour payer les frais d'élimination des sous-produits animaux. De ce fait, les abattoirs touchent désormais 25 CHF par animal abattu de l'espèce bovine et 4.50 CHF par animal abattu des espèces porcine, caprine et ovine. Depuis 2005, les transformateurs reçoivent chaque année des contributions à hauteur de 30 millions de francs pour couvrir les frais d'élimination supplémentaires découlant des mesures prises en raison de l'ESB.

Dans le but d'atténuer la hausse des coûts engendrée par l'ESB, le système incitatif de la Banque de données sur le trafic des animaux (BDTA) permet aux détenteurs de bétail bovin de bénéficier d'une prime de 25 CHF pour chaque vêlage annoncé en bonne et due forme.

Dans un premier temps, les abattoirs avaient même revendiqué un prélèvement de 5 CHF supplémentaires par animal à la charge des producteurs. Au terme d'intenses négociations avec les transformateurs, les PSBB ont réussi à faire comprendre qu'il était intolérable de vouloir introduire une taxe d'élimination totalement injustifiée. Les contributions octroyées par la Confédération permettent en effet de couvrir la quasi-totalité des frais d'élimination des abattoirs. En outre, c'est aux transformateurs qu'il appartient de prendre en charge les frais liés à l'élimination, tout comme ceux relevant de l'abattage, du désossage, etc. Les frais en découlant doivent être couverts par la marge des abattoirs et non pas par le prélèvement de taxes supplémentaires.

Malgré cela, les abattoirs peuvent réclamer une participation aux frais d'élimination de 25 CHF par vache dans toute la Suisse depuis le mois de janvier 2005.

Les PSBB se sont depuis lors engagés avec beaucoup de détermination pour trouver un compromis avec les autres parties et abroger ces taxes d'élimination. Leurs efforts sont malheureusement restés sans effet jusqu'ici.